1、肥料中本身水不溶物較大引起的堵塞。部分固態肥料在生產時都在肥料顆粒外面包一層膜，以防止吸收水分。市售肥料常用的3種膜質材料是：粘土、硅藻土、含水硅土。為了避免這些包膜材料溶解后產生堵塞，建議在施用前制備少量混合物，觀察包膜材料是否沉淀到容器底部，是否會在表面形成泡沫或懸浮在溶液中。

滴灌帶廠家介紹如果包膜材料迅速沉到容器底部，就可以制備整批溶液。包膜材料沉淀后，透明液體可注入灌溉系統。另外，目前市場上的一些含量較低的磷酸一銨、硫酸鉀等均含有水不溶物；同時很多農戶將磷酸二銨、過磷酸鈣等溶解性較差的產品用到滴灌中，會直接堵塞滴灌系統。

2、肥料與灌溉水發生反應，堵塞滴灌系統。灌溉水中鈣等陽離子與磷酸根、硫酸根等陰離子反應，產生不溶物或者微溶物，堵塞滴頭。另外新疆地區的水質偏堿，大部地區引天山雪水進行農田進行滴灌，雪水在流動分配過程中會吸收流經地的土壤鹽分，造成水中的鹽分增高，這時選擇硝酸鈣、硝酸銨鈣、硝酸鈣鎂這些肥料進行滴灌，就會使肥料中的鈣鎂離子與水中的鹽分離子進行反應生成沉淀，時間長容易堵塞滴灌系統，導致整個一體化系統癱瘓。

3、肥料配合不當發生反應，產生沉淀。由于農戶在肥料配合時候，將磷肥或者硫酸鉀與中微量元素肥料混合施用，或者硝酸鈣等肥料與磷酸鹽一起滴灌引起化學沉淀。生物肥料不當施用引發的滴灌帶中微生物滋生，堵塞滴灌帶。很多有機微生物肥料的施用時間和施用方法存在問題，尤其在出苗水中由于滴灌時間短，往往滴灌帶內有微生物制劑和有機物殘留，同時滴灌帶內濕度較大，隨著溫度增加，微生物大量滋生，形成生物膜堵塞滴灌帶。